Installation de ViabLab en clonant un dépôt Git

Publié le : 04 October 2025

Thématiques : Viablab

Écrit par : sophie

Niveau de difficulté :

Présentation de la formation

Sous MacOS :

Prérequis :

Installer g++ [todo]
Installer cmake-3.13.5

Pour vérifier la version de cmake installée,

which cmake

Si ce n'est pas la bonne version, la désinstaller :

brew uninstall --force cmake

Telecharger cmake-3.13.5-Darwin-x86_64.tar.gz sur https://github.com/Kitware/CMake/releases/tag/v3.13.5 

Verifier la version de cmake tékéchargée, dans le répertoire tékéchargements

ls ~/Downloads | grep cmake

doit répondre

cmake-3.13.5-Darwin-x86_64.tar

Décompresser l'archive :

 tar -xvf cmake-3.13.5-Darwin-x86_64.tar

Déplacer le dossier dans le dossier viablab :

 mv cmake-3.13.5-Darwin-x86_64 ~/Desktop/viablab/cmake

Vérifier la version de cmake installée :

 ~/Desktop/viablab/cmake/CMake.app/Contents/bin/cmake --version

doit répondre :

cmake version 3.13.5

Ajouter la commande cmake au PATH global pour l'utiliser plus facilement :

nano ~/.zshrc

Ajouter la ligne suivante à la fin du fichier :
export PATH="$HOME/Desktop/viablab/cmake/cmake-3.13.5-Darwin-x86_64/CMake.app/Contents/bin:$PATH"
Sauvegarder et quitter (appuyez sur Ctrl + X, puis Y, et enfin Entrée).
Appliquez les modifications :

 source ~/.zshrc

Installer les libriries boost [todo]

Installation de ViabLab :

[To do] #### Suivez https://viability-theory.org/node/22/ pour cloner le dossier VIABLAB ####

Vérifier que le dossier VIABLAB/build est vide :

cd ~/VIABLAB 
rm -rf build
mkdir build

Remplacer le fichier CMakeLists.txt dans VIABLAB/source par celui-ci CMakeLists.txt
Dans le nouveau fichier CMakeLists.txt, remplacer le contenu sous ## Substitute the text within the parentheses with your ... path lignes 8, 15, 27 et 53 par vos propres chemins d'accès.
Générer le projet avec CMake depuis le dossier build

 cd build 
 cmake -G "Unix Makefiles" -D CMAKE_BUILD_TYPE=Debug ../source

Des fichiers sont crées dans le dossier build.

Sous LINUX :

Prérequis :

Avoir installé g++ :

Pour vérifier si g++ est installé, dans un terminal :

g++ --version

Si g++ n'est pas encore installé sur votre système :

sudo apt install g++

Avoir installé cmake version 3.22.1 :

Pour vérifier si cmake est installé et connaitre sa version, dans un terminal :

cmake --version

Si ce n'est pas la bonne version , supprimer les versions existantes de CMake, dans un terminal :

sudo apt remove --purge cmake

Vérifier la version de votre Ubuntu, dans un terminal :

lsb_release -a

Si votre version est 22.04, installer CMake 3.22.1 automatiquement :

    sudo apt update
    sudo apt install cmake

Si votre version n’est pas 22.04, installer les dépendances nécessaires :

    sudo apt update
    sudo apt install -y build-essential libssl-dev

Télécharger CMake 3.22.1 :

       wget https://github.com/Kitware/CMake/releases/download/v3.22.1/cmake-3.22.1.tar.gz

Extraire l'archive :

    tar -zxvf cmake-3.22.1.tar.gz
    cd cmake-3.22.1

Construire et installer :

    ./bootstrap
    make -j$(nproc)      # Compiles using all available CPU cores
    sudo make install

Vérifier la version de cmake, dans un terminal :

cmake --version

Doit afficher cmake version 3.22.1.

Avoir installé les Libraries Boost (ce sont des librairies C/C++ complémentaires, open source dont VIABLAB est dépendant):

Pour vérifier la version de Boost installée:

 grep "#define BOOST_LIB_VERSION" /usr/include/boost/version.hpp

Si Boost n'est pas encore installé:

sudo apt install libboost-all-dev

Avoir installé l'IDE Eclipse (facultatif)
```
sudo apt-get install -y eclipse-cdt
```

Prérequis :

Créer le dossier qui contiendra le programme et les résultats dev-cpp, créer deux sous dossier /libs et /ViablabGit, et dans /ViablabGit, un dossier /VIABLAB
git : pour l'installer, taper dans un terminal :

sudo apt-get update
sudo apt install git

A partir du dépôt forgemia (pour les membres d'Inrae) :

Aller sur la page : https://github.com/lastre-viab/VIABLAB

Se connecter

Aller sur votre profil - Edit Profile - SSH Keys

Si le champ "Your SSH Keys" est vide :

Générer une clé, dans un terminal, tapez

ssh-keygen

Quand on demande un répertoire, on peut laisser vide, un répertoire est créé automatiquement
Entrer une phrase à mémoriser
Dans le répertoire créé, deux fichiers sont créés, copier le contenu du fichier .pub

Cliquer sur "Add new key"

Coller dans le champ "Your SSH Keys"

Cliquer sur "Add key".

Dans un terminal,

git clone git@forgemia.inra.fr:lisc/VIABLAB.git <nom du dossier (sinon sera copié dans le dossier courant>

Choisir la branche que l'on souhaite utiliser (celle de Matéu est my_branch) avec

git checkout my_branch

Dans le répertoire VIABLAB/, créer le répertoire build

mkdir build

Si pas de cmake, (pour vérifier taper cmake --version), il faut installer cmake :

brew install cmake

MAIS il semble y avoir un problème de version, la commande précédente a installé une version 4..... il semblerait qu'il faille utiliser une version au plus 3....

cmake -S source/ - B build/

Sous WINDOWS :

Prérequis :

Avoir créé le dossier qui contiendra le programme et les résultats dev-cpp, créer deux sous dossier /libs et /ViablabGit, et dans /ViablabGit, un dossier /VIABLAB
Avoir installé git-for-Windows :

Aller à l'adresse https://git-scm.com/downloads/win

Cliquer sur: Click here to download

Exécuter le fichier téléchargé et choisir toutes les options par defaut.

Avoir installé MinGW, une distribution de compilateurs C/C++ GNU pour Windows :

A l'adresse https://sourceforge.net/projects/mingw/files/latest/download , téléchargez l'application MinGW Installation Manager.

Ouvrir cette application

Dans le panneau gauche, développer All packages => MinGW, sélectionner MinGW Base System. Sélectionner dans la liste des packages tous les packages dont le nom contient « pthread », choisir Mark For Installation. Faire de même pour les packages gcc, omp, g++, libstd, mingw s’ils ne sont pas sélectionnés.

Une fois les packages sélectionnés, dans le menu Installation, cliquer sur Apply changes et attendre la fin d’installation.

Ajouter l’emplacement de l’installation MinGW dans la variable PATh du système :

Dans paramètres/settings du système, on cherche environmental/environnement et on clique dans «edit environment variables for your account »

Aller dans Path, edit, new et on copie colle : C:\MinGW\bin

Eteindre et redémarrer l'ordinateur.

Avoir installé cmake version 3.31.7:

Pour vérifier si cmake est installé et connaitre sa version, dans un terminal :

??

Si ce n'est pas la bonne version , supprimer les versions existantes de CMake, dans un terminal :

??

Aller à l'adresse https://github.com/Kitware/CMake/releases/download/v3.31.7/cmake-3.31.7-windows-x86_64.msi pour télécharger le Windows x64 installer.

Vérifier la version de cmake, dans un terminal :

????

Doit afficher cmake version 3.31.7.

Avor installé boost, les Libraries Boost sont nécessaires, ce sont des librairies C/C++ complémentaires, open source dont VIABLAB est dépendant.
- Aller sur : https://www.boost.org/users/history/version_1_75_0.html
- Télécharger le fichier boost_1_75_0.zip
- Le décompresser dans le sous-dossier /libs
Avoir installé Eclipse Environnement de développement intégré) (facultatif) :

Aller à l'adresse https://www.eclipse.org/downloads/packages/release/kepler/sr2/eclipse-ide-cc-developers

Cliquer sur download, à nouveau sur download.

Une fois téléchargé, cliquer sur l’installeur et chosir Eclipse IDE for C/C++ developers

On ‘’launch’’ par la suite (première exécution pour voir que tout fonctionne)

On ‘’launch’’ de nouveau.