Approches mathématiques pour concilier développement économique et préservation du littoral.
Étude de modèles de viabilité appliqués à la régulation des populations et à la santé publique.
Cet atelier propose une introduction appliquée à la théorie de la viabilité, notamment dans le cadre des écosystèmes soumis à des contraintes environnementales. Les participants exploreront comment formaliser des politiques durables de gestion à l’aide d’algorithmes de viabilité, et comment modéliser la résilience d’un système via des cas concrets comme l’eutrophisation d’un lac ou la gestion d'une population.
Matinée :
Après-midi :
L'atelier aura lieu à l'Université Paris Cité, sur la campus Grand Moulins, facilement accessible par le métro 14 (station Bibliothèque François Mitterand) à deux pas des quais de Seine.
Guide désinstallation de Viablab
Comment installer ViabLab à partir du dépôt sur GitHub
Pour vérifier la version de cmake installée,
which cmakeSi ce n'est pas la bonne version, la désinstaller :
brew uninstall --force cmakeTelecharger cmake-3.13.5-Darwin-x86_64.tar.gz sur https://github.com/Kitware/CMake/releases/tag/v3.13.5
Verifier la version de cmake tékéchargée, dans le répertoire tékéchargements
ls ~/Downloads | grep cmakedoit répondre
cmake-3.13.5-Darwin-x86_64.tarDécompresser l'archive :
tar -xvf cmake-3.13.5-Darwin-x86_64.tarDéplacer le dossier dans le dossier viablab :
mv cmake-3.13.5-Darwin-x86_64 ~/Desktop/viablab/cmakeVérifier la version de cmake installée :
~/Desktop/viablab/cmake/CMake.app/Contents/bin/cmake --versiondoit répondre :
cmake version 3.13.5Ajouter la commande cmake au PATH global pour l'utiliser plus facilement :
nano ~/.zshrcAjouter la ligne suivante à la fin du fichier :
export PATH="$HOME/Desktop/viablab/cmake/cmake-3.13.5-Darwin-x86_64/CMake.app/Contents/bin:$PATH"
Sauvegarder et quitter (appuyez sur Ctrl + X, puis Y, et enfin Entrée).
Appliquez les modifications :
source ~/.zshrc[To do] #### Suivez https://viability-theory.org/node/22/ pour cloner le dossier VIABLAB ####
cd ~/VIABLAB
rm -rf build
mkdir build cd build
cmake -G "Unix Makefiles" -D CMAKE_BUILD_TYPE=Debug ../sourceDes fichiers sont crées dans le dossier build.
Pour vérifier si g++ est installé, dans un terminal :
g++ --versionSi g++ n'est pas encore installé sur votre système :
sudo apt install g++Pour vérifier si cmake est installé et connaitre sa version, dans un terminal :
cmake --versionSi ce n'est pas la bonne version , supprimer les versions existantes de CMake, dans un terminal :
sudo apt remove --purge cmakeVérifier la version de votre Ubuntu, dans un terminal :
lsb_release -aSi votre version est 22.04, installer CMake 3.22.1 automatiquement :
sudo apt update
sudo apt install cmakeSi votre version n’est pas 22.04, installer les dépendances nécessaires :
sudo apt update
sudo apt install -y build-essential libssl-devTélécharger CMake 3.22.1 :
wget https://github.com/Kitware/CMake/releases/download/v3.22.1/cmake-3.22.1.tar.gzExtraire l'archive :
tar -zxvf cmake-3.22.1.tar.gz
cd cmake-3.22.1Construire et installer :
./bootstrap
make -j$(nproc) # Compiles using all available CPU cores
sudo make installVérifier la version de cmake, dans un terminal :
cmake --versionDoit afficher cmake version 3.22.1.
Pour vérifier la version de Boost installée:
grep "#define BOOST_LIB_VERSION" /usr/include/boost/version.hppSi Boost n'est pas encore installé:
sudo apt install libboost-all-devAvoir installé l'IDE Eclipse (facultatif)
sudo apt-get install -y eclipse-cdtsudo apt-get update
sudo apt install gitAller sur la page : https://github.com/lastre-viab/VIABLAB
Se connecter
Aller sur votre profil - Edit Profile - SSH Keys
Si le champ "Your SSH Keys" est vide :
ssh-keygenCliquer sur "Add new key"
Coller dans le champ "Your SSH Keys"
Cliquer sur "Add key".
Dans un terminal,
git clone git@forgemia.inra.fr:lisc/VIABLAB.git <nom du dossier (sinon sera copié dans le dossier courant>Choisir la branche que l'on souhaite utiliser (celle de Matéu est my_branch) avec
git checkout my_branchDans le répertoire VIABLAB/, créer le répertoire build
mkdir buildSi pas de cmake, (pour vérifier taper cmake --version), il faut installer cmake :
brew install cmakecmake -S source/ - B build/
Aller à l'adresse https://git-scm.com/downloads/win
Cliquer sur: Click here to download
Exécuter le fichier téléchargé et choisir toutes les options par defaut.
A l'adresse https://sourceforge.net/projects/mingw/files/latest/download , téléchargez l'application MinGW Installation Manager.
Ouvrir cette application
Dans le panneau gauche, développer All packages => MinGW, sélectionner MinGW Base System. Sélectionner dans la liste des packages tous les packages dont le nom contient « pthread », choisir Mark For Installation. Faire de même pour les packages gcc, omp, g++, libstd, mingw s’ils ne sont pas sélectionnés.
Une fois les packages sélectionnés, dans le menu Installation, cliquer sur Apply changes et attendre la fin d’installation.
Ajouter l’emplacement de l’installation MinGW dans la variable PATh du système :
Dans paramètres/settings du système, on cherche environmental/environnement et on clique dans «edit environment variables for your account »
Aller dans Path, edit, new et on copie colle : C:\MinGW\bin
Eteindre et redémarrer l'ordinateur.
Pour vérifier si cmake est installé et connaitre sa version, dans un terminal :
??Si ce n'est pas la bonne version , supprimer les versions existantes de CMake, dans un terminal :
??Aller à l'adresse https://github.com/Kitware/CMake/releases/download/v3.31.7/cmake-3.31.7-windows-x86_64.msi pour télécharger le Windows x64 installer.
Vérifier la version de cmake, dans un terminal :
????Doit afficher cmake version 3.31.7.
Aller à l'adresse https://www.eclipse.org/downloads/packages/release/kepler/sr2/eclipse-ide-cc-developers
Cliquer sur download, à nouveau sur download.
Une fois téléchargé, cliquer sur l’installeur et chosir Eclipse IDE for C/C++ developers
On ‘’launch’’ par la suite (première exécution pour voir que tout fonctionne)
On ‘’launch’’ de nouveau.
????cmake -G "MinGW Makefiles" ../sourcecmake -G"Eclipse CDT4 - MinGW Makefiles" -D CMAKE_BUILD_TYPE=Debug ../sourceAprès l’exécution de cmake le projet est prêt pour être importé dans Eclipse : le répertoire build ( vide au début) contient les données générées par cmake.
Dans Eclipse, aller dans le menu File => Import et sélectionner l’option Existing Projects into Workspace
Cliquer sur Next
Ensuite dans le fenêtre suivante sélectionner le répertoire build
Cliquer sur Finish
Après l’import on voit l’arborescence du projet dans le panneau gauche
Guide désinstallation de Viablab
Comment installer ViabLab with Gui v3.0 sous Linux, Mac et Windows
Pas possible pour le moment, le fichier binaire n'est disponible que pour Linux et Windows, il faut cloner à partir d'un dépôt.
Pour vérifier si g++ est installé, dans un terminal :
g++ --versionSi g++ n'est pas encore installé sur votre système :
sudo apt install g++Pour vérifier si cmake est installé et connaitre sa version, dans un terminal :
cmake --versionSi ce n'est pas la bonne version , supprimer les versions existantes de CMake, dans un terminal :
sudo apt remove --purge cmakeVérifier la version de votre Ubuntu, dans un terminal :
lsb_release -aSi votre version est 22.04, installer CMake 3.22.1 automatiquement :
sudo apt update
sudo apt install cmakeSi votre version n’est pas 22.04, installer les dépendances nécessaires :
sudo apt update
sudo apt install -y build-essential libssl-devTélécharger CMake 3.22.1 :
wget https://github.com/Kitware/CMake/releases/download/v3.22.1/cmake-3.22.1.tar.gzExtraire l'archive :
tar -zxvf cmake-3.22.1.tar.gz
cd cmake-3.22.1Construire et installer :
./bootstrap
make -j$(nproc) # Compiles using all available CPU cores
sudo make installVérifier la version de cmake, dans un terminal :
cmake --versionDoit afficher cmake version 3.22.1.
Avoir installé l'IDE Eclipse (facultatif)
sudo apt-get install -y eclipse-cdtchmod +x InstallerViabLabGui_v1_linux.run./InstallerViabLabGui_v1_linux.runcmake -G "Unix Makefiles" ../source
makeL'exécutable viabLabExe apparaît dans le répertoire build !
cmake -D_ECLIPSE_VERSION=4.5 -DCMAKE_BUILD_TYPE=Debug ../source -G"Eclipse CDT4 - Unix Makefiles" -DCMAKE_ECLIPSE_GENERATE_SOURCE_PROJECT=TRUE
A l'adresse https://sourceforge.net/projects/mingw/files/latest/download , téléchargez l'application MinGW Installation Manager.
Ouvrir cette application
Dans le panneau gauche, développer All packages => MinGW, sélectionner MinGW Base System. Sélectionner dans la liste des packages tous les packages dont le nom contient « pthread », choisir Mark For Installation. Faire de même pour les packages gcc, omp, g++, libstd, mingw s’ils ne sont pas sélectionnés.
Une fois les packages sélectionnés, dans le menu Installation, cliquer sur Apply changes et attendre la fin d’installation.
Ajouter l’emplacement de l’installation MinGW dans la variable PATh du système :
Dans paramètres/settings du système, on cherche environmental/environnement et on clique dans «edit environment variables for your account »
Aller dans Path, edit, new et on copie colle : C:\MinGW\bin
Eteindre et redémarrer l'ordinateur.
Pour vérifier si cmake est installé et connaitre sa version, dans un terminal :
??Si ce n'est pas la bonne version , supprimer les versions existantes de CMake, dans un terminal :
??Aller à l'adresse https://github.com/Kitware/CMake/releases/download/v3.31.7/cmake-3.31.7-windows-x86_64.msi pour télécharger le Windows x64 installer.
Vérifier la version de cmake, dans un terminal :
????Doit afficher cmake version 3.31.7.
Aller à l'adresse https://www.eclipse.org/downloads/packages/release/kepler/sr2/eclipse-ide-cc-developers
Cliquer sur download, à nouveau sur download.
Une fois téléchargé, cliquer sur l’installeur et chosir Eclipse IDE for C/C++ developers
On ‘’launch’’ par la suite (première exécution pour voir que tout fonctionne)
On ‘’launch’’ de nouveau.
????cmake -G "MinGW Makefiles" ../source
makeL'exécutable viabLabExe apparaît dans le répertoire build :
cmake -G"Eclipse CDT4 - MinGW Makefiles" -D CMAKE_BUILD_TYPE=Debug ../sourceAprès l’exécution de cmake le projet est prêt pour être importé dans Eclipse : le répertoire build ( vide au début) contient les données générées par cmake.
Dans Eclipse, aller dans le menu File => Import et sélectionner l’option Existing Projects into Workspace
Cliquer sur Next
Ensuite dans le fenêtre suivante sélectionner le répertoire build
Cliquer sur Finish
Après l’import on voit l’arborescence du projet dans le panneau gauche
Description des fichiers de sortie de ViabLab
Les fichiers sorties de ViabLab se trouvent dans le répertoire ~/ViabLabGui/bin/VIABLAB/OUTPUT.
Un calcul génère plusieurs fichiers qui sont nommés avec le même préfixe.
Le fichier <prefixe>-grid_data.dat contient les informations sur le grille régulière sur laquelle est basée le calcul, ci-dessous un exemple :
2 ---- nombre de dimensions de l'espace des états
-2 ---- première coordonnée du point inférieur (dans toutes les dimensions) de la grille
-2 ---- deuxième (ici seconde puisqu'on est en dimension 2) coordonnée du point inférieur (dans toutes les dimensions) de la grille
2 ---- première coordonnée du point supérieur (dans toutes les dimensions) de la grille
2 ---- deuxième (ici seconde puisqu'on est en dimension 2) coordonnée du point inférieur (dans toutes les dimensions) de la grille
4001 -- nombre de points de la grille selon le premier axe
4001 -- nombre de points de la grille selon le second axe
0
0 Anya HELP !
1
1Le fichier <prefixe>-viab.dat contient les coordonnées des points de la grille suivies de 0.0 si le point n'appartient pas au noyau calculé et 1.0 s'il y appartient ; le nombre de colonnes est donc égale au nombre de dimensions de l'espace des états plus 1.
Le fichier <prefixe>-viab-bound.dat contient la liste des coordonnées des points de la grille qui ont au moins un voisin qui n'appartient pas au noyau calculé. Ils représentant la frontière de ce noyau.
Description de la procédure à suivre pour reproduire les calculs des exemples de viability-theory.org
Aller sur la page du cas d'usage choisi, par exemple l'exemple de Julia, et télécharger les deux fichiers .h et .json associés à l'implémentation dans Viablab.
Copier le fichier .json dans le répertoire ~/ViabLabGui/bin/VIABLAB/INPUT et le fichier .h dans le répertoire ~/ViabLabGui/bin/VIABLAB/source/data/
Editer le fichier ~/ViabLabGui/bin/VIABLAB/source/data/ModelDataInclusion.h
Remplacer la ligne qui commence par string paramsFile avec le nom du fichier .json que vous venez de copier. Par exemple, si ce fichier s'appelle toto.json, il faut écrire écrire :
string paramsFile = "toto.json";Remplacer dans la ligne qui commence par #include, le nom du fichier .h par celui du fichier que vous venez de copier : si ce fichier se nomme data_toto.h, écrire
#include "../data//data_toto.h"Enregistrer le fichier ModelDataInclusion.h
Retourner dans le répertoire ~/ViabLabGui/bin/VIABLAB/build :
makepour créer le fichier exécutable viabLabExe, puis, pour l'exécuter :
./viabLabExeGénérer avec make (en utilisant tous les CPU du Mac pour accélérer la compilation)
make -j$(sysctl -n hw.logicalcpu)Pour exécuter viabLabExe
./viabLabExe
Vous venez de lancer le calcul de noyau de viabilité identique à celui du site !